Enrico Rava otworzył Jazzową Jesień 2006, występując w duecie ze Stefano Bollanim, grającym na fortepianie.
Pierwszego dnia festiwalu wystapił także Szwajcar Nik Bartsch z zespołem. Prezentował muzykę ze swojego ECM-owskiego debiutu, płyty Stoa, inspirowanej oraz powstającej w Japonii.
1 grudnia (w drugim dniu festiwalu) zagrali Jack DeJohnette Trio (jeden z najwybitniejszych perkusistów jazzowych, współpracujących m.in. z Milesem Daviesem, Johnem Coltranem, Ornette Colemanem i Billy Evansem) oraz Tomasz Stańko, który specjalnie do programu przygotowanego na Jazzową Jesień zaprosił Gary’ego Peacocka – wybitnego kontrabasistę.
W ostatnim koncercie festiwalu można było podziwiać greczynkę Savinę Yannatou, która wraz z Primavera en Salonico pokazała muzykę inspirowaną wpływami tradycji muzycznych z basenu Morza Śródziemnego.
Festiwal zakończył Tomasz Stańko i Kwartet Lontano. Koncert był polską premierą albumu Lontano.